Chè, se vi furono supplizj segreti, dovettero essere eccezionali, non mai per sistema. Ed anche nel 1588 querelandosi Sisto V de' portamenti della Repubblica, il cardinale Farnese replicò sorridendo: «Padre santo, que' signori governano lo Stato colle regole di Stato non con quelle del Sant'Uffizio; e se devesi aver occhio sincero alla religione, bisogna averlo anche ad altro»180.
      Nelle carte Medicee cogliemmo una lettera del cavaliere Nobili ambasciadore di Toscana, il quale da Madrid scrive, l'8 giugno 1568181:
      «Io ho ritratto dall'ambasciadore di Venezia, com'egli è qua un Italiano, il quale è stato molti mesi in terra di Svizzeri e Grigioni là al confine di Milano, ed è venuto in notizia di molti vassalli del re, che tengono intelligenza con Luterani di que' paesi; ed è venuto alla Corte per manifestar a sua maestà questi tali infetti d'eretica opinione. E costui medesimo ha parlato con l'ambasciatore di Venezia, dicendogli che nel trattare questo negozio ha trovato molti delle terre de' Veneziani, uomini di qualità, di questa mala intenzione: e che se la Signoria vorrà remunerarlo, andrà là, e darà conto di tutte queste cose con molta giustificazione e verità. Onde l'ambasciadore s'è mosso a scrivere alla Repubblica, esortandola a volerne veder il vero, e castigar severamente chi tenesse queste pratiche nello Stato loro, e massime in Bergamo e Brescia, terre dove costui accenna esser seminata questa infezione».
      Poi il 30 luglio: «Sopra quello che per lettera delli 11 aprile passato scrissero il duca mio signore e vostra eccellenza a sua maestà Cattolica del pericolo che sovrastava all'Italia da' Franzesi e dalli eretici quando si fossero volti a tentar questa provincia, sua santità ancora n'ha scritto in conformità, e particolarmente s'ingegna di mostrare in qual sospetto si doveano tenere il duca di Savoja e i Veneziani; l'uno per l'infezione ch'è nello Stato suo di questa peste dell'eresia e per la vicinità con Francia, e questi per tener poco conto come ciascun viva o cattolicamente o altrimenti; e con l'ajuto o pur con la sola permissione di questi duoi pare che possino derivare tutte le turbazioni che altri disegni per Italia: e contro quel duca e quella Repubblica s'è disteso, caricandoli molto appresso sua maestà, come quelli dei quali è molto dubbiosa la volontà in servizio della fede cattolica e di sua maestà».