Secondo il genio de' nostri italiani, non accettava integralmente la Confessione augustana, ma moderatissimo, riprovava le esagerazioni, non oltraggiava il papa, riconosceva molti pregiudizj ne' Riformati, e cercava conciliare le diverse opinioni. E scriveva allo Sturmio: «Mi muove a sdegno il veder nelle nostre chiese riformate il modo di scrivere di molti, anzi di quasi tutti coloro, che pur vogliono passare per pastori, dottori, colonne della Chiesa. Sovente a bella posta rendiamo oscuro il vero stato della quistione, acciocchè non possa esser bene intesa: abbiam l'impudenza di negare le cose evidenti, e sfacciatamente affermiamo il falso: inculchiamo fortemente ai popoli come principj di fede dottrine apertamente empie, e denunciamo come ereticali opinioni perfettamente ortodosse: mettiamo a tortura le Scritture per ridurle d'accordo colle nostre invenzioni, e ci vantiamo d'esser discepoli dei Padri, mentre ricusiamo seguirne la dottrina. L'inganno, la calunnia, l'ingiuria sono a noi famigliari, nè pensiamo quanto, con simili scritti, nociamo al progresso del Vangelo, quanta rovina portiamo alla Chiesa di Cristo, e come rassodiamo i settarj nelle loro eresie, eccitiamo i tiranni a prender le armi contro di noi, dilatiamo sulla terra il regno del demonio. Sia bene o male, sia vero o falso, poco ci cale, purchè sosteniamo la causa nostra. O tempi, o costumi! Chi mai, vedendo, leggendo, esaminando queste cose, se scintilla conserva di pietà cristiana, non sarà profondamente addolorato ed inquieto, e, non deplorerà amaramente le sciagure de' nostri tempi?»197.
      Ma mentre cercava metter pace, egli stesso versò in continui dissidj. Entrato in quel capitolo di San Tommaso, per le sue divergenze intorno alla predestinazione, alla perseveranza nella santità, all'ubiquità, all'anticristo fu preso in iscrezio, non gli faceano di cappello, non gli dirigevano la parola; sinchè egli, per conservar il posto, segnò un formulario, però con riserve, e modo ortodoxe intelligatur.