Rinunziò poi al canonicato, e a Chiavenna stette dal 63 al 68, fructuose quidem, sed non absque cruce. Avea sposato Violanta, figlia di Celio Curione, e in lettera a Pietro Martire Vermiglio ne descrive la morte: tutta piena di aspirazioni, prelibava il paradiso; struggeasi di veder il Salvatore; incaricava Olimpia Morata di sepellirla: e nell'abbraccio del marito finì esclamando, Al cielo, al cielo198. Dapoi egli sposò Livia Lumaca ricca chiavennasca, e n'ebbe molti figliuoli. Dall'elettor palatino Federico III fu domandato a professar teologia ad Eidelberga, e scrisse contro gli Antitrinitarj; ma alla morte di quel suo protettore cangiatesi le credenze del paese, egli trovossene sbalzato con tutti quei che deviavano dal luteranesimo, e ricoverò a Neustadt finchè potesse tornar ad Eidelberg. Di settant'anni e già cieco, stese una professione di fede per sè e la sua famiglia, ove dirigendosi a Ulisse Martinengo, protesta non aver ripudiato tutti i dogmi della Chiesa romana, ma que' soli che non erano conformi agli insegnamenti della Chiesa primitiva; nell'abbandonare la romana, essersi proposto di ritornarvi qualora ella si emendasse; e lo bramava di tutto cuore, poichè il fato più desiderabile è di viver gli ultimi giorni in seno della Chiesa in cui si fu battezzati.
      Morto nel 1590, gli fu posto quest'epitaffio:
     
      Hieronymi hic sunt condita ossa Zanchii
      Itali exulantis Christi amore et patria.
      Qui theologus quantus fuerit et philosophusTestantur libri editi ab eo plurimi.
      Testantur hoc quos voce docuit in scholisQuique audiere eum docentem ecclesias.
      Nunc ergo quamvis hinc migravit spirituClaro tamen nobis rem auxit nomine.
     
      Le opere sue vennero raccolte in sei volumi, contandone due di Lettere pubblicate a Ginevra il 1619. La più celebre fu De Dei natura et de tribus elohim Patre, Filio et Spiritu Sancto, uno eodemque Jehova, in due parti: nella prima espone la pura dottrina e spiega il mistero della Trinità: nell'altra confuta gli argomenti opposti.