Pio IV nomina vescovo di Verona Marcantonio da Mula, allora ambasciatore a Roma; e la Signoria ricusa riceverlo; così fa quando lo elegge cardinale, e ai parenti suoi vieta d'assumere la veste purpurea di seta in segno di festa; e ne manda scuse al papa, scrivendo: «Noi siamo schiavi delle nostre leggi, ed in ciò consiste la nostra libertà». Nè volle che il Vendramin, eletto patriarca, dovesse subire l'esame a Roma; proibì di ricevere o pubblicare la bolla in Cœna Domini.
      Gregorio XIII, quando volle ordinar la visita generale delle chiese venete, come erasi fatto di tutta la cristianità, trovò somma opposizione: in nessun tempo essersi ciò praticato nel dominio: ne sarebbero scompigliati i paesi di rito greco o confinanti coi Turchi: si arrivò fin a minacciare di unirsi alla Chiesa greca; e solo con somme precauzioni nel 1581 fu lasciata operare, ma da prelati indigeni221.
      Quando gli ambasciadori veneti andarono a Ferrara a congratularsi con Clemente VIII dell'acquisto di quella città nel 1598, il papa chiese loro, che anche la Repubblica ajutasse a quel ch'egli faceva cogli infedeli convertiti, procurando ad essi modo di vivere, impiegandoli o come palafrenieri e cavalleggieri, o a cavar terra o pietre o altro; che non lasciassero vivere in ghetto gli Ebrei fatti cristiani; che molti vivendo in bigamia, sebben questo reato spettasse al Foro laico, se ne lasciasse il giudizio all'Inquisizione senza ledere la giurisdizione civile; che si procedesse con dolcezza nell'esigere le taglie de' beni ecclesiastici222.
      Della giurisdizione sovra persone ecclesiastiche Venezia era tanto gelosa, che gl'Inquisitori di Stato, avuto spia come in casa del nunzio si discorreva «che l'autorità del principe secolare non si estende a giudicar ecclesiastici se questa facoltà non sia concessa da qualche indulto pontifizio», stabilì che i prelati paesani, i quali tenessero simili discorsi, fossero notati su libro apposito come «poco accetti, e si veda occasione di farne sequestrare le entrate; e se perseverino, si passi agli ultimi rigori, perchè il male incancrenito vuol al fine ferro e fuoco». Quanto ai curiali del nunzio, se tengono di tali propositi fuori della Corte, «sia procurato di farne ammazzar uno, lasciando anche che, senza nome di autore, si vociferi per la città che sia stato ammazzato per ordine nostro, per la causa suddetta»223.