Sarebbe dunque frà Paolo già colpevole di disobbedienza, quand'anche non si fosse mostrato sempre contrariissimo alla santa sede. Che dunque a Roma egli dispiacesse possiam dubitarne? Già nel 1602 gli si era ricusato il vescovado di Nona, benchè raccomandato dalla Repubblica. Nelle istruzioni date al nunzio al tempo dell'assoluzione è detto: «A me pare poterle ricordare che convenga procedere con lenità; e che quel gran corpo voglia esser curato con mano paterna... Delle persone di frà Paolo e Giovanni Marsilio e degli altri seduttori, che passano sotto il nome di teologi, si è discorso con vostra signoria a voce; la quale doveria non aver difficoltà in ottenere che fossero consegnati al Sant'Officio, non che abbandonati dalla Repubblica, e privati dello stipendio che si è loro costituito con tanto scandalo del mondo».
      L'anno dopo che la Storia del Concilio era stata pubblicata, mandavasi alla riconciliata Venezia un nunzio apostolico, nelle cui istruzioni del 1 giugno 1621 leggiamo: «Sotto il capo della santa Inquisizione pare che si possa ridurre la persona di frà Paolo servita, della quale vostra signoria ha piena cognizione. Io non le favellerò dei mali che faccia, nè delle pessime dottrine ed opinioni che sparge, e de' perniciosissimi consigli che apporta, tanto più rei e malvagi quanto più sono coperti dal manto della sua ipocrisia, e dalla falsa apparenza della mal creduta sua bontà, perchè il tutto è a lei manifesto; ma le dirò brevemente che nostro signore non ha lasciato di parlarne come si conviene a' signori ambasciadori, li quali, così in questo come nella materia del Sant'Officio hanno sfuggito gl'incontri delle paterne267 esortazioni di sua santità, non coll'opporsi ma col negare il male; e però, quanto a frà Paolo, hanno risposto non essere stimato da loro, nè tenuto in credito nessuno appresso la Repubblica, ma starsene colà ritirato, nè doversene poter avere ombra o gelosia veruna, benchè si sappia pubblicamente il contrario.