Vostra signoria potrà nondimeno osservare di presso i suoi andamenti, e ce ne farà la più vera relazione che potrà averne, perchè sua santità penserà a continuare gli ufficj od altro opportuno rimedio; e vostra signoria successivamente ci anderà proponendo quello che più riuscibile si potesse adoprare, almeno per levarlo di colà, e farlo ritirare altrove a viversi quietamente, reconciliandosi ad un'ora colla Chiesa. Ma finalmente non è da sperarne molto, e converrà aspettarne il rimedio da Dio, essendo tanto innanzi negli anni, che non può esser grandemente lontano dalla sua fine; e solamente si deve temere che non si lasci dietro degli scolari e degli scritti, e che, ancora morto, non continui ad essere alla Repubblica pernicioso».
      Che però in tempi, in cui l'assassinio politico era praticato universalmente e lodato; in cui lo stesso frà Paolo scrive, «Tali sono i costumi del nostro paese, che coloro che si trovano nel grado dove io ora sono non possono perdere la grazia di chi governa senza perdere anche la vita»268, che in tempi tali siasi trovato chi attentasse alla vita di lui, non è meraviglia. Cinque volte dicono si rinnovasse il tentativo, ond'egli impetrò di farsi accompagnare per la città da un frate col fucile: altra scena che caratterizza i tempi. Ma una volta fu colpito da alcuni assassini. Principale di questi era un Poma, mercante fallito, che credeva lecito qualunque mezzo per salvare la religione, e che ad un amico scriveva: «Non è uomo del mondo cristiano che non avesse fatto quel ch'io, e Dio col tempo lo farà conoscere»; e volea stampare d'aver operato, non per istanza di chicchessia, ma per servizio di Dio. Frà Fulgenzio racconta che, fatto il colpo, essi ricoveraronsi in casa del nunzio; e vuolsi che frà Paolo, ricevuta la ferita, esclamasse: «Conosco lo stile della curia romana». Il giuoco di parole fece fortuna, e restò dell'assassinio incolpata Roma: forse come oggi, ne' frequenti assassinj de' campioni del cattolicismo, vogliam ravvisare la mano de' Protestanti.