Imperocchè i Grigioni chiedevano si osservasse il trattato di Madrid, aizzati dai predicanti, da Venezia, dalla Francia; mentre in Valtellina il partito santo spingeva ad ordini rigorosi contro gli eretici, pubblicava i beni dei ricaduti; e molti coperti riformati o dall'Inquisizione o dagli zelanti erano fatti capitar male. E la natura delle cose portava che i Cattolici, trovandosi spalleggiati, soprusassero ai dissenzienti315, se non altro in parole. Abbiam lettera di frà Giovanni da Martinengo predicatore in Ponte, che a Giovanni Bongetta e Filippo Battista detto Sfodego ed altri di Sondrio, il 18 marzo 1627 annunziava: «Ho inteso le orrende bestemmie che voi ed altri eretici uomini e donne che sono in Sondrio dite contro la santa fede cattolica nostra. Ero risoluto senz'altro di venir al debito castigo, ma voglio peccare con voi di soverchia misericordia. Pertanto questa mia servirà a voi ed altri eretici per dolce invito alla fede cattolica. Quando non vogliate, fate che subito tutti siate fuor della valle e confini; altrimenti guai a voi se m'aspettate là; che al sicuro il minimo castigo ha da essere il fuoco e fiamme. Se mi domandate con quale autorità scrivo e minaccio, dagli effetti v'accorgerete di quello posso e voglio fare per nettar affatto la valle di simil peste...».
      Si stabilì anche il Sant'Uffizio, e nell'ottobre 1628 si decretò che tutti gli acattolici fra due anni dovessero vender quanti beni sodi possedessero in Valtellina, e andarsene, pena la vita. Il vescovo Caraffino, venuto in visita, dai Protestanti trasferì in altri i livelli della sua mensa, benchè n'avessero pagato il canone.
      Nel 1631 essendo morto di peste il ministro di Poschiavo, esso Caraffino scriveva ai signori di colà il 16 gennajo: «Nel progresso ch'ha fatto il mal contagioso in cotesta terra e nel rimanente della mia diocesi, intendo che sua divina maestà abbi levato di vita il predicante di costà. Segno evidentissimo che abbiamo della sua misericordia verso di noi.