E molto ascoltato n'era a Roma il ministro Niccolini, il quale assiduamente teneva informato il duca; e come la difficoltà consistesse in ciò che il Galilei, «sebbene si dichiara di voler trattare ipoteticamente del moto della terra, nondimeno, in riferire gli argomenti, ne parla e ne discorre poi assertivamente e concludentissimamente, ed ha contravvenuto all'ordine datogli nel 1616 dal cardinale Bellarmino d'ordine della Congregazione dell'Indice353, e spesso torna a lagnarsi perchè si ostina a voler fare il teologo, e resiste agli amici che gli consigliano di prender aria ed evitare la lotta.
      Citato, il Galileo tardò cinque mesi: venticinque giorni consumò nel viaggiar da Firenze a Soma. Quivi giunto, prosegue il Niccolini, ai 13 marzo:
     
      Il papa mi rispose d'avergli fatto un piacer singolare, e non più usato con altri, in contentarsi che possa trattenersi in mia casa, invece del Sant'Uffizio... un cavalier di casa Gonzaga non solamente fu messo in una lettiga accompagnato e guidato fino a Roma, ma condotto in castello, e tenuto ivi molto tempo, fino all'ultimo della causa... Il cardinale Barberino disse lo stimava per uomo singolare, ma che questa materia è assai delicata, potendosi introdurre qualche domma fantastico nel mondo, e particolarmente in Firenze, dove gl'ingegni sono assai sottili e curiosi...
      Sua santità mi disse non credere si possa far di meno di non lo chiamar al Sant'Uffizio quando s'avrà a esaminare, perchè così è il solito. Io le replicai di sperare che la santità sua fosse per raddoppiare l'obbligazione con dispensarlo anche da questa, ma mi fu risposto di credere che non si potrà far di meno... e che Iddio gli perdoni di entrar in queste materie, tornando a dire che si tratta di dottrine nuove e della sacra scrittura, e che la meglio di tutte è quella di andar con la comune.