Quel però che il Naudé e il Languet apponevano alla filosofia italiana del xvi secolo, d'essere eccessiva (nimia), può dirsi anche della cartesiana del secolo seguente col Gravina, il Vico, il Fardella. Leibniz scriveva al presidente Des Brosses che Itali et Hispani, quorum excitata sunt ingenia, tam parum in philosophia præstant quia nimis arctantur385; e ultimamente Eckstein386 credea ne' nostri filosofi trovar un occulto soccinianismo; mentre forse non era che predilezione per la fisica, e disprezzo per le scienze razionali, mal confondendole colle inezie scolastiche: ma poichè questo li traviò, nacque o paura o ribrezzo ne' pii e negli assennati per le scienze speculative, e quindi il freno impostovi.
      Le verità religiose dovettero necessariamente risentire delle filosofiche, che alcuno introdusse, altri confutò anche in Italia. Nelle difficultés proposées à monsieur Steyaert, opera d'un teologo cartesiano387, cioè Arnauld (IX parte, pag. 81) leggo «essersi trovate a Napoli persone, che la lettura di Gassendi gettò nell'errore d'Epicuro sulla mortalità dell'anima». E l'autore soggiunge che in fatto le Istanze di quel filosofo contro Cartesio possono ispirare tal errore a giovani mal fondati nella fede, perchè sostiene che colla sola ragione non si colgono prove solide che l'anima sia distinta dal corpo, più che come un corpo sottile da un grossolano.
      Sappiamo infatti che a Napoli l'accademia degli Investiganti seguiva molto Gassendi, onde varj giovani s'impigliavano nelle teoriche d'Epicuro e Lucrezio, del che altamente si dolevano i frati, scontenti che le loro scuole restassero non solo abbandonate ma derise. I lamenti raddoppiarono quando il medico Tommaso Cornelio pose di moda Cartesio. L'Inquisizione di Roma tentò introdurre nel regno suoi commissarj; e Monsignor Gilberto vescovo della Cava rizzò tribunale e riceveva accuse e teneva proprio carcere, molti costringendo ad abjurare388; ma la città si oppose, e nel 1692 le furono confermati i privilegi, cioè tolta al Sant'Offizio l'indipendenza del processare nel regno.