Quel bizzarro ingegno di Trajano Boccalini, arguto critico degli errori e delle tirannie del suo tempo, si mostra non solo avverso ai Riformati, ma ad ogni tolleranza verso di essi, e fin alle dispute religiose.
      Ma in generale è maraviglioso il silenzio che si faceva sopra le quistioni de' Protestanti; benchè fervessero fin al sangue in una parte d'Italia, e mezza Europa fosse volta sossopra dalla guerra di religione, non troviamo in quello scorcio di secolo nè grandi campioni nè grandi avversatori della Chiesa, nè le dottrine protestanti eccitavano più curiosità. I teologi nostri d'allora erano troppo lontani dal vigore che mostravano i francesi. Il cardinale Vincenzo Gotti bolognese dimostrò la verità del cristianesimo contro atei, idolatri, ebrei, maomettani. Il padre Domenico Gravina di Napoli combattè Marcantonio de Dominis, e dettò Catholicæ præscriptiones adversus omnes veteres et nostri temporis hæreticos. Il padre Francesco Brancati pure di Napoli trattò della predestinazione secondo sant'Agostino, e della giurisdizione del Sant'Uffizio. Filippo Guadagnolo, lettore di arabo e caldeo alla Sapienza, fu incaricato di tradurre in arabo la Bibbia, come fece. Morì del 1656, e aveva pubblicato in latino (1631) un'apologia della religione cristiana contro le objezioni di Ahmed-ben-Zin-Alabedin, che dicono il miglior libro contro il maomettismo.
      Fra i libri allora proibiti compajono: Riccamati Giacobo, Dialogo nel quale si scoprono le astuzie con che i Luterani si sforzano d'ingannare le persone semplici e tirarle alla loro setta: La scienza della salute, ristretta in quelle due parole Pochi sono gli eletti, tradotta dal francese dall'abate Nicolao Burlamacchi; Buonaventura abate di Laurenzana, Croniche della riforma di Basilicata; Precipizj della Sede Apostolica, ovvero la corte di Roma perseguitata e perseguitante; Ragionamento in materia di religione accaduto fra due amici italiani; a cui aggiungiamo per la pertinenza: «Trois lettres touchant l'état présent de l'Italie, écrites en l'année 1687. La première regard l'affaire de Molinos et des Quietistes: la seconde l'Inquisition et l'état de la religion: la troisième regarde la politique et les intérêts de quelques Etats d'Italie».