Ma succeduto Alessandro VII, il Borri stimò prudente ritirarsi a Milano (1655) continuando a far proseliti quivi e a Pavia. Pare strano che nè il Governo nè il Sant'Uffizio n'avessero sentore fino al marzo 1659: quando egli, sentendosi decretato d'arresto, stabilì un colpo risoluto; presentarsi sulla piazza di Milano fra' suoi settarj, trucidare l'arcivescovo e i curiali, scarcerare i detenuti, inveire contro gli abusi del governo secolare ed ecclesiastico; gridando Mora Cristo e Viva Calvino, eccitare alla libertà, ed occupato il Milanese e fattosene duca, di là spingere le sue conquiste. Scoperto, molti suoi settarj furono arrestati, sette dovettero in duomo far abjura solenne; indi furono rimessi a Roma, e condannati a portar «per contrasegno dei loro falli una mantelletta gialla sopra le spalle». Egli fuggì, e in contumacia il Sant'Uffizio lo processò e condannò, ordinando omnia illius scripta hæretica comburenda esse; omnia bona mobilia et immobilia confiscanda et applicanda, vetantes sub pœna latæ sententiæ ne quis cum illo tentet, recipiat, juvet; et mandantes omnibus patriarchis et primatibus ut ipsum Burrum arrestent, vel arrestandum curent, teneant, certiores nos faciant ut statuamus quid ipsi faciendum; relaxantes ut non solum magistratus secularis sed quilibet qui possit et velit in favorem fidei nostræ ipsum capiat et teneat.
      Ai 3 gennajo 1661 «l'effigie del detto Giuseppe Francesco Borro, depinto al naturale in un quadro, fu portata per Roma sopra un carro accompagnato dalli ministri della giustizia, nella piazza di Campo di Fiore, dove dal carnefice fu appiccata sulle forche, e dopo abbruciata con i suoi scritti».
      Egli era rifuggito in Isvizzera, ben accolto come vittima dell'Inquisizione, e a Strasburgo «è fama incitasse quegli eretici ad abbruciare pubblicamente la statua del pontefice, forse in vendetta d'esser egli stato abbruciato in effigie a Roma.