Parrebbe udir Lutero quando scriveva a Melantone: «Sii peccatore e pecca poderosamente, ma la tua fede sia più grande che il tuo peccato... Ci basta aver conosciuto l'agnello di Dio che toglie i peccati del mondo. Il peccato non può cancellare in noi il regno dell'agnello, quand'anche fornicassimo e uccidessimo mille volte al giorno»399.
      Per ventidue anni egli fu tenuto in concetto di santo direttore di spirito; e Paolo Segneri, che lo confutò nell'Accordo dell'azione e del riposo nell'orazione, passò per invido calunniatore, e per poco non ebbe a perdervi la vita; ma il vescovo Inigo Caracciolo di Napoli s'accorse de' guasti che ne venivano nella sua diocesi: e smascherati gli errori, papa Innocenzo XI ne ammonì la cristianità. Il Molinos avea così estesa corrispondenza, che, quando fu arrestato nel 1685, gli furono trovate dodicimila lettere e molto denaro affidatogli da' suoi devoti. Malgrado le potenti protezioni, sottoposto a processo dal Sant'Uffizio, furono condannati i suoi libri; ed egli, convinto di brutali eccessi, dovette ritrattarsi pubblicamente sulla piazza di Santa Maria sopra Minerva il 3 settembre 1687, vestito di giallo con croce rossa davanti e dietro. Erasi pubblicata indulgenza di quindici anni e quindici quarantene a chi assistesse a quell'atto, sicchè, oltre il sacro collegio v'accorsero gran popolo e nobili e dotti, pe' quali eransi eretti palchi. All'udir leggere quelle massime, non men mostruose che le colpe, la folla fischiava, e gridava Al fuoco, al fuoco. Terminato, abjurò gli errori, ricevette l'assoluzione e i colpi di verga sulle spalle e l'abito di penitenza, poi chiuso in una camera coll'obbligo di confessarsi quattro volte l'anno, e recitare ogni giorno il Credo e la terza parte del rosario, sopravvisse in pentimento fino al 28 dicembre 1696.