Capì esso come gl'interessi di sua casa dovessero trasportarsi in Italia, e qui stabilì la sua capitale; ma non per questo abbandonava le idee avite, e fantasticava un regno allobrogo, confinato dalla Provenza e dal Delfinato, dal Lionese e dalla Bresse, dalla Svizzera francese e dalle provincie subalpine. A ciò l'infervorava il senatore Joly d'Allery nel 1561 in uno scritto, che, come gli opuscoli di Napoleone III, diffuso a migliaja di copie, doveva o creare o ingannare o scandagliare l'opinione pubblica. Ma per aver fautori a tal pensiero, suggerivagli di conciliarsi gli Ugonotti di Francia e i principi e Cantoni protestanti coll'abbracciarne la dottrina, come avea fatto egli stesso, il senatore Joly, che avea stabilito una Chiesa evangelica a Ciamberì.
      La proposizione dovea far orrore, e venne processato; ed egli confessò che l'ingrandimento della Savoja era ambito da tutti i sudditi; quanto alla religione non desiderava di meglio che di veder pubblicato, non le dottrine di Calvino o di Farel, ma il vangelo. Condannato a lievissima pena, presto fu rintegrato dal duca, di cui avea carezzato le ambizioni.
      Certamente coll'apostasia Emanuele Filiberto avrebbe rimosso l'opposizione che ai suoi incrementi facevano433 il Lesdiguières, Ginevra, Berna, e attirato a sè gli Ugonotti di Francia, i quali, badando più alla religione che alla nazionalità, come tendeano la mano all'Inghilterra e all'Olanda, così sarebbonsi messi col capo de' Valdesi.
      Ma fra il bisogno che avea di Spagna e del papa, tra la particolare pietà434 e il desiderio d'aver ne' sudditi l'unità di credenza, preferì le armi, mestier suo, e tanto più che accorreano molti Francesi in quelle valli per ajutare i loro religionarj, ond'egli temeva non rimettessero in pericolo la nazionale indipendenza. Spedì dunque truppe, che nella difficile guerra di montagna recarono e soffersero gravi strazj.