Vedendo la difficoltà dell'esito e l'inopportunità dei mezzi, avendo anche settemila uomini di Savoja toccato una grave sconfitta a San Germano, con grande rincoramento degli insorti, il duca calò ad accordi; concesse a' Valdesi perdono, e di tener congreghe e prediche in determinati luoghi; negli altri soltanto consolar gl'infermi, e far certi riti; i profughi rientrassero; potesse il duca escluder i predicanti che non gli aggradivano, ma essi eleggerne altri: però non trapassassero i loro confini, e non escludessero i riti dei Cattolici (5 giugno 1560). Il borgo di Torre, smantellato dal Caracciolo, venne munito di nuovo, e diventò sede del governator della valle.
      Con ciò Emanuele Filiberto gratificossi la Corte di Roma435, che s'interpose onde fargli cedere dalla Francia le fortezze che teneva di qua dell'Alpi. Ma il duca, che pure ajutò la Francia contro gli Ugonotti436, restò in mala fama presso i novatori, sì per questi provvedimenti, sì pei processi contro eretici. Il 20 giugno 1556, in piazza Castello a Torino era stato ucciso Bartolomeo Actor, côlto mentre da Ginevra portava lettere e libri eterodossi nella val San Martino; altre condanne negli anni seguenti; e il Mainardi scriveva da Chiavenna il 7 maggio 1563 a Fabrizio Montano: «Da coloro che vengono qui dal Piemonte ci è riferito che il duca di Savoja fu fatto dal papa capitano della Chiesa, o confaloniere; e riceve ogni anno sessantamila scudi di paga». E il Vergerio al duca Alberto il 5 aprile 1562: Cum natus fuerit filius ill. Sabaudiæ duci, ille non modo antichristum, sed quinque pagos Helveticos acerbissimos purioris evangelii hostes ascivit sibi in susceptores, seu compatres, quod non obscuram dat significationem quod adversum nos aliquid moliatur.
      Fabrizio Ferrari, residente a Milano pel granduca di Toscana, ai 5 febbrajo 1566 scriveva: «Di Piemonte s'intende che ogni dì si scoprano diversi umori di Ugonotti, e che il duca ha molta difficoltà di provedere, temendosi massime che la moglie e quasi tutti i ministri di sua eccellenza siano del medesimo umore.