Anche ad Emanuele Filiberto esso papa domandava il 21 aprile 1570, consegnasse al Sant'Uffizio Giovanni Toma, eretico e apostata, che giaceva nelle carceri di Torino; e da cui sperava trar notizie de' complici. In quegli anni ricordansi editti, condanne, riazioni, sì in queste valli sì nel Delfinato, e distruzione di chiese e uccisioni di parroci, attribuiti dagli uni ai Valdesi, da altri agli Ugonotti, raccoltisi in val di Pragelato. Frà Tommaso Giacomello da Pinerolo, morto il 1569, inquisitor generale a Torino poi vescovo di Tolone e autore di due trattati De auctoritate papæ, e Contra Valdenses, preso il capo de' Barbetti, lo diede al braccio secolare.
      Insignemente procurò per la conversione de' Valdesi san Francesco di Sales (1567-1622). Era egli stato scolaro del Panciroli all'Università di Padova, ove fu dottorato il 5 settembre 1591; e durante gli studj aveva conosciuto il pio e dolce gesuita Possevino: e presolo direttore della sua coscienza, forse ne trasse quella dolcezza, che divenne suo carattere. Special devozione professava alla Beata Vergine, e la spiegò principalmente nella visita alla santa casa di Loreto. A Roma non trovò che santità dove Lutero non avea visto che abominazione: e fattosi prete, si pose tutto a convertire eretici, e divenne vescovo di Annecy, poi di Ginevra. Recandosi a Milano a venerare il corpo di san Carlo, e nel viaggio avuto contezza della congregazione de' Barnabiti, da poco istituita, alloggiò presso di essi nelle camere già usate da quel santo quando andava a farvi gli esercizj spirituali, e li pregò a venir a reggere il collegio di Annecy, istituito da Eustachio Chappuy, ch'era stato ai servigi di Carlo V. Col consenso di Federico Borromeo vi andò infatti il padre Giusto Guerin, che poi succedette al santo nel vescovado di Ginevra, e che vi istituì i preti della missione.