Era sottentrato duca di Savoja Carlo Emanuele (1580-1630), detto il grande perchè irreposato nel mestare in tutte le brighe d'allora, e perchè cercò ingrandir il Piemonte col pretesto di unificare l'Italia e di sbrattarla da' forestieri, mentre vi adoprava mezzi che ve li attiravano. Egli mandò a pregar san Francesco venisse a Torino, per divisare i modi di tornar alla via retta il Sciablese; e il santo, persuaso che del traviamento fosse stata causa principale il non conoscer la vera religione, propose vi si spedissero missionarj zelanti, capaci di dissipare le prevenzioni e confutare le calunnie; si escludessero dalla Savoja i ministri calvinisti; ai libri ereticali se ne surrogassero di buoni; s'introducessero i Gesuiti per educare i giovani e sostenere le controversie. Però fra i ministri stessi di Carlo non pochi inclinavano alle novità; e san Francesco ebbe troppo ad esercitare la modesta sua maestà e la dolce persuasione per rinnovare i riti cattolici nella Savoja, donde alfine i Calvinisti rimasero esclusi.
      Il duca cooperava col santo nel convertire i Savojardi; li traeva al suo castello di Thonon, e accoltili con cortesia, esponeva loro gli argomenti più efficaci a dimostrare l'unità della fede e della Chiesa. Molti risposero alle sue premure, e quand'egli usciva, la gente faceasegli attorno gridando: «Viva sua altezza reale! Viva la Chiesa romana! Viva il papa!»438.
      Cristina di Francia, venuta sposa al principe di Piemonte, volle avere Francesco per limosiniere, ed egli sol dopo lunghe istanze accettò, a patto di non dovere staccarsi dalla sua residenza. Essa gli regalò un bel diamante, e presto il santo lo vendè; gliene diede allora un altro, ma poichè egli facevale intendere non gli era possibile conservare preziosità finchè poveri ci fossero, essa lo pregò di nol vendere, ma impegnarlo, ed ella medesima lo riscatterebbe.