Meglio ne avvisarono la natura i pontefici, e come il fine reale ne fosse di togliere via le differenze che la religione pose fra gli uomini, e d'accogliere chiunque deserta da qualsiasi fede positiva. Laonde sin dal 28 aprile 1738 Clemente XII denunziava i pericoli di queste accolte di persone d'ogni fede; del segretume che ne proteggeva i riti e gl'intenti; dell'opposizione alle leggi e canoniche e civili. «Vario ne corre il grido (diceva il papa): ma se volgonsi a scopi onesti, perchè tanti arcani?» Laonde ammoniva i fedeli ad astenersene, e non favorirle in verun modo, sotto pena di scomunica, la quale non potesse sciogliersi che dal sommo pontefice, salvo che in articolo di morte. Inoltre agli inquisitori ingiungeva di procedere come contra gravemente sospetti di eresia, invocando, ov'uopo fosse, il braccio secolare.
      Con ciò la Chiesa non faceva che mostrare il carattere solito di tutrice della libertà, non compatendo vi fossero persone che giuravano obbedire ciecamente ad un capo. A molti bastò quest'avviso per ritrarsene, ma essi (dice il Muratori negli Annali d'Italia) allora pubblicarono le regole loro, dalle quali risultava «terminare la massoneria in una invenzione di darsi bel tempo con riti ridicolosi, ma sostenuti con gran gravità; nè altra maggior deformità vi comparve se non quella del giuramento del segreto, preso sul Vangelo, per occultare siffatte inezie».
      E molti in fatto non ci vedevano che un legame di benevolenza universale, una scuola di pensare spregiudicato; al più un'arte degli astuti per acquistare influenza, distinzioni, denari, in funzioni per le quali nessuno studio occorre. E poichè alle scomuniche attaccavasi ancora qualche importanza, quando morì il papa dissero che la condanna da lui proferita cessava con lui, non avendola il successore confermata.