Egli, che aveva sì bene illuso la giustizia di Parigi, qui, sebbene prevenuto, lasciossi cogliere dal Sant'Uffizio il 27 dicembre 1789 con tutte le carte e i simboli e i libri: e avendo giudici e carcerieri incorruttibili, si trovò isolato dall'immensa sua dipendenza: sicchè non credette restargli altro partito che svelare ogni cosa, mescolandovi certamente vanterie, degne di Benvenuto Cellini o di Pietro Aretino, e fingendo circostanze, che ad un tribunale ecclesiastico attenuassero le sue colpe. Nel lungo processo confessò che molte v'ha sette massoniche, ma le più frequenti sono quella della pretta osservanza a cui appartengono gl'Illuminati, e quella dell'alta osservanza: la prima col titolo di vendicare il granmaestro de' Templari, mira alla distruzione della religione cattolica e delle monarchie: l'altra cerca la pietra filosofale e gli arcani ermetici. A quest'ultima fu egli ascritto a Londra, passando pei gradi di alunno, compagno e maestro, e n'ebbe le insegne: e sua moglie un nastro, su cui era recamato Unione, Silenzio, Virtù, e quella notte dovea tenerlo cinto alla coscia. Avuti poi certi manuscritti, su quelli confezionò il nuovo rito della massoneria egiziana, eliminandone le superstizioni e la magia, dirigendola a ottenere la perfezione mediante la rigenerazione fisica e morale. I riti e le cerimonie474 sono i soliti; un giocoliere aveva suggerite a Cagliostro i sacri nomi di Helion, Melion, Tetragrammaton; ma il gran cofto, cioè il fondatore, pareggiavasi a Dio, gli si faceano adorazioni, gli si cantavano parodie del Te Deum, del Veni Creator, dei salmi, e credeasi comandasse agli angeli. Ogni religione v'è ammessa, e il grado supremo è per gli uomini quel di profeta, di sibille per le donne. Nelle massonerie ordinarie, all'iniziato si danno due paja di guanti, uno per sè, l'altro per la donna che più stima: qui vi s'univa una ciocca di capelli, che la donna dovea regalare all'uomo che predilige.