Tutto re, nulla aspettando dal popolo, fu dal popolo preso in sinistro a segno, che il presidente Argento, valentissimo giureconsulto napoletano, diceagli: «Vi siete messo in capo una corona, ma di spine»; e il vicerè cardinale Altan lo consigliò di ricoverarsi in Austria. Insultato a Barletta, a Manfredonia, non trovò pace che arrivando a Trieste e Lubiana, donde a Vienna, dove undici anni godette una pensione di mille fiorini assegnatagli da Carlo VI, che allora teneva il trono delle Due Sicilie. Di là il Giannone chiese dall'arcivescovo di Napoli e dal sant'Uffizio l'assoluzione per la sua storia e l'ebbe, onde fu sopito il processo. Nè per questo desisteva dal sostenere i diritti regj contro la curia, e contrastar «le vittorie riportate dalla prevalente astuzia del vero», come dice il suo panegirista. Ma quando l'italica indipendenza si trovò quasi compiuta, e Carlo VI perdè la dominazione della Sicilia, Vienna cessò di careggiare i fuorusciti, e sospese la pensione al nostro storico. Il quale allora stabilì ritornare in patria ad offrire i suoi servigi a re Carlo III. E prima errò per varj paesi, trovando contraddittori alle falsità e nemici alla mordacità della sua storia: a Venezia il senatore Pisani ben l'accoglie; il senato gli offre cattedra di pandette a Padova, ma egli allega non aver l'uso del latino; cerca gli si agevoli il ritorno in patria, ma Carlo III nol vuole: si offre alla Corte di Torino per servirla nelle controversie allora vive con Roma, ma è politamente ricusato (1735).
      Per questi oggetti egli trattava coi ministri esteri, e poichè ai senatori e a chi stesse in lor casa era proibito parlare con rappresentanti stranieri, gl'inquisitor di Stato, cui già era accusato d'appartenere ad una società di ottanta gentiluomini che si burlavano del papa, delle preghiere, dei miracoli, lo fecero arrestare, mettere in una barca, e deporre a Crespino terra di papa.