Quest'atto a nulla gli valse; non lo sporgere istanze; non il rammentare quanto fosse stato devoto alla Casa di Savoja, e che dall'arcivescovo di Napoli e dal Sant'Uffizio era stato assolto; la durezza de' ministri e l'avidità de' castellani peggiorava la sua miseria, nella quale lasciavasegli fino ignorare che ne fosse del suo figlio e della madre di questo, a spogliare i quali s'erano affrettati i parenti.
      Che avesse rinnegato la religione de' suoi padri non appare. La sacra Congregazione proibì la Storia di lui per «dottrine false, temerarie, scandalose, sediziose, ingiuriose a tutti gli ordini della Chiesa, erronee, scismatiche, empie, e che a dir poco sanno d'eresia (hæreses ut minimum sapientes)» non però veramente ereticali. Ma oltre di quella avea scritto il Triregno, opera che non fu stampata, e neppure compita, ma della quale fra' manuscritti del prigioniero trovossi una copia dall'abate Palazzi di Selve bibliotecario dell'Università di Torino, incaricato dall'Ormea di esaminarli, e da lui trasmessa alla sacra Congregazione dove si conserva. Un'altra copia era a Ginevra in mano del ministro calvinista Isacco Vernet, che la cedette a un librajo olandese, e questi a un abate Bentivoglio, il quale la vendette al papa. D'un'altro esemplare, rimasto al suo figliuolo, diede estratti e indici il Panzini, tanto da poter ricomporre anche le parti che mancano.
      E ciò tolse a fare un'ingegnoso quanto dotto nostro contemporaneo, il quale, per esaltarlo davanti a un uditorio prevenuto, vi legge «riflessioni senza che vi siano», vi suppone uno scopo, una connessione ideale, mettendo il pensiero scettico d'oggi al posto della quistione avvocatesca d'allora.
      Sull'orme dei filosofi inglesi e francesi che rompevano guerra alla tradizione religiosa, il Giannone combatte la Chiesa, cercando le leggi della storia in quelle della mente umana.