In occasione del tremuoto, sciaguratamente famoso, che sovvertì Lisbona l'ognisanti del 1755, il Malacrida spiegò uno zelo e un coraggio, che furono giudicati indiscreti dal Pombal, e tanto più l'aver quegli, in un opuscolo, attribuito quel disastro a punizione del cielo, mentre il Pombal volea non vi si vedesse che mera conseguenza di cause naturali; dal nunzio apostolico Acciajuoli lo fece esiliare a Setubal, ma colà lo seguivano i devoti, per fare sotto lui gli esercizj.
      Addensavasi intanto la procella contro i Gesuiti, che furono sbanditi dalla Corte, tacciati di stabilir in America repubbliche comuniste, nelle quali invece dei soldati adopravansi i missionarj, invece delle carceri i conventi, invece delle verghe i cantici, invece della forca le penitenze. Quel turpe maneggio è noto, nè speciale al nostro intento, come si sa che re Giuseppe una sera fu assaltato per ucciderlo. Eretto processo per questo attentato, uno degl'imputati nominò per complice il padre Malacrida. Qual bella occasione di vendicarsi di questo e di denigrare tutta la società di Gesù! Cercatane la casa, fra le carte di lui si trovò una lettera, diretta al re, a cui annunziava sovrastargli un gran pericolo. Il Malacrida disse averne avuto rivelazione o ispirazione, come in altre predizioni508; ma la giustizia volle vedervi una complicità, e arrestatolo (1759) il condannò. Ma per accusa tanto assurda non si ardì mandarlo al supplizio, onde con un'arte pur troppo non disimparata, si pensò infamarlo509. Il Pombal, vantato filosofo, pensò valersi a tal fine del Sant'Uffizio, a cui capo avea posto suo fratello; dopo due anni di prigione vi denunziò come impostore, blasfemo, eresiarca il Malacrida, allora di settantatre anni, facendo sentire esser desiderio del re che fosse condannato, e a tal uopo allontanandone quei che l'avrebbero salvato.