L'accusa poggiavasi principalmente sopra due libri, che diceasi avesse composto in prigione, uno Tractatus de vita et imperio antichristi, l'altro Vita mirabile della gloriosa sant'Anna madre di Maria Santissima, dettato dalla medesima santa coll'assistenza, approvazione e concorso della medesima sovranissima signora e del suo santissimo Figliuolo. In essi parrebbe s'abbandonasse a fantasie mistiche, pretendendo aver visioni, colloqui, rivelazioni dal Padre, dal Figlio, dallo Spirito Santo, con voce chiara e distinta; essergli soprannaturalmente annunciato vi sarebbero tre anticristi, padre, figlio, nipote; quest'ultimo nascerebbe a Milano il 1920 da un frate e una monaca; sposerebbe Proserpina, furia infernale; e altri delirj. Asseriva pure che sant'Anna fu santificata ancora in seno alla madre, e colà intendeva, conosceva, serviva Dio, avea fatto i tre voti monastici, al Padre di povertà, d'obbedienza al Figlio, di castità allo Spirito Santo: piangeva, e per compassione faceva piangere i cherubini e serafini che le teneano compagnia. In vita poi essa fu la più innocente delle creature, pregava Dio pei cherubini, acciocchè più sempre gl'infervorisse a servire la sua divina maestà. Il Malacrida vi raccontava tante particolarità della vita di Anna e della Beata Vergine, della quale Dio aveagli ordinato di esaltare la grandezza usque ad excelsum et ultra, nè esitasse a comunicarle gli attributi del medesimo Dio. Aggiungeva che i Gesuiti fonderebbero un nuovo impero di Cristo, scoprendo infinite nazioni d'Indiani. Quelle dottrine proferì e scrisse e difese davanti al tribunale del Sant'Offizio, a cui erano state presentate le due opere, ch'egli riconobbe per sue.
      All'eresia volle aggiungersi l'infamia del vizio, accusando questo vecchio settuagenario, rotto nelle fatiche delle missioni, d'abbandonarsi in carcere a oscene abitudini.