Il Sant'Uffizio, dopo lungo processo fondato su queste assurdità, lo dichiarò «reo d'eresia, di bestemmia, di false profezie, d'empietà orribili, d'aver abusato della parola di Dio: d'aver oltraggiato la maestà divina insegnando una morale infame e scandalosa, scandolezzato col sostenere fin all'ultimo momento le pretese sue rivelazioni ed eresie»; pertanto lo consegnava con morso e berrettone e col cartello d'eresiarca alla giustizia secolare, chiedendo usasse con esso pietosamente, e non procedesse a pena di morte. E il 21 settembre 1761 a Lisbona con cinquantadue imputati di simili delitti, fu strozzato poi arso, secondo gli ordini del filosofo Pombal e cogli applausi di Voltaire.
      L'accusa è tanto specificata, la sentenza tanto motivata, che il dubitarne parrebbe insensatezza se non fossimo in un tempo, ove tuttodì s'accettano le asserzioni de' nemici, comunque assurde, purchè stampate, purchè spacciate francamente. Il Malacrida era gesuita: e però il filantropo Voltaire esclamava: «Corre voce sia stato arrestato il reverendo padre Malacrida. Ne sia benedetto Iddio... Queste sì son notizie che consolano»510. Ma il buon senso non era stato ancora spento affatto dal filosofismo, e altra volta egli diceva che l'eccesso del ridicolo e dell'assurdità s'aggiunse all'eccesso dell'orrore in quella condanna. Il noto Giuseppe Baretti, che allora, restituendosi dall'Inghilterra al patrio Piemonte, attraversò il Portogallo e la Spagna, descrisse quel supplizio coll'indignazione d'onest'uomo contro l'ingiustizia e la barbarie, e tanto bastò perchè gli fosse proibito di continuare la stampa delle sue Lettere famigliari, e corresse per le bocche coll'orribile taccia di gesuitante.
      Se il Malacrida avesse veramente scritto quelle stravaganze, sarebbe bisognato crederlo pazzo o rimbambito, e avea ragione Luigi XV quando, al leggere quella sentenza, proruppe: «Sarebbe come se io volessi far inrotare quel povero matto che crede esser il padre eterno»511.