Ma ben presto le armi che aveano portato la repubblica militare e l'empietà, portarono il despotismo militare e quella che diceano religione. Il popolo che, come ad ogni novità, dapprima aveva applaudito alle coccarde tricolori, al berretto rosso, agli alberi della libertà, alle municipalità, con altrettanto fervore e senno gli esecrò, e insorse contro i democratici, con una ferocia da mai non aspettarsi in contrade che si qualificano gentili. In Firenze assalse il Ricci, e a fatica il governo costituitosi lo sottrasse dal furore plebeo col farlo arrestare. «Sessagenario (egli si duole) fu tradotto come un vil malfattore per mezzo de' sbirri a piedi, in una sera di piena illuminazione e per le strade le più popolate, alle pubbliche carceri», benchè egli si fosse sempre «fatto un pregio di distinguersi per il particolare attacamento alla Casa d'Austria, e in ispecial modo ai sovrani che hanno governato la Toscana».
      E dal carcere, poi da San Marco, infine da una villa in cui fu relegato scrisse varie lettere all'arcivescovo di Firenze, facendo atto d'intera sommessione. «Il Signore mi fece grazia di eccitare nell'animo mio una maggiore e filiale tenerezza verso il papa. Avrei ben di cuore desiderato di presentarmi ad esso quando era in Certosa per confessargli questi miei sinceri sentimenti e la parte che io prendeva alle di lui afflizioni; ma io non potea farlo senza il permesso del Governo». E soggiunge la più ampia professione di fede. Anche al papa che, strascinato fuor di Roma, e a fatica ricevuto alla Certosa di Firenze, alfine era messo prigioniero a Valenza, scrisse il 1° agosto del 99.
      Erano i tempi, sempre sciagurati, della riazione; ma presto il ritorno dei Francesi nella Cisalpina e la battaglia di Marengo avvicendarono i tremanti e i minacciosi. Allora il Ricci, al 24 novembre 1800, al Pamieri in lunga lettera segretissima diceva ciò tutto avere scritto per violenza, per sottrarsi alle persecuzioni: «tra gli spaventi di morte e i più ignominiosi trattamenti mi obbligò l'arcivescovo a far una lettera a Pio VI, in cui protestava la mia ortodossia, ecc.