Si obbligavano i vescovi a insolito giuramento, e perchè ricusarono furono carcerati594 o rimossi dalle loro sedi, come altri sacerdoti che zelassero la Chiesa; lasciando anche scoperti moltissimi beneficj episcopali o capitolari o parocchiali per non voler accettare le elezioni o istituzioni fatte a forma de' canoni. Si sottoposero gli scritti de' vescovi a censura preventiva; a sorveglianza l'insegnamento de' seminarj, mentre dalle scuole pubbliche eliminavansi l'istruzione religiosa e ogni rito ecclesiastico; anzi si cercò fondare una teologia governativa, obbligando ne' seminarj a seguire i programmi dello Stato, poi riducendoli a un solo per provincia metropolitica, e ad insegnar la sola teologia. La proclamata libertà di culto non dava che agio agli eterodossi, mentre si obbligava il clero ad atti meramente politici, e a normeggiare il suo ministero alle esigenze del Governo, il quale ne misurava le processioni, le feste, il suon delle campane, le immagini; profanava le chiese, convertendole non solo in prigioni e caserme, ma fin in teatri e postriboli: s'imponeva di fare scendere Cristo in petti che lo repudiavano, e sepellire coi fedeli chi sino alla morte avea voluto starne separato; come turbatori delle coscienze punivansi con legge speciale quei parroci che al battesimo non accettassero padrino infedele o scomunicato, o esigessero ritrattazioni al letto di morte595. Intanto che si proibivano le esteriorità religiose, si ordinava ai vescovi di illuminare i loro palazzi596 dai prefetti coi decreti, dal vulgo colla sassajuola; si mescolava la Chiesa a tutto ciò ch'è impopolare, e metteasi Cristo in opposizione all'impresa nazionale.
      Il vescovo di Pesaro fa dai parroci suoi leggere in chiesa una pastorale ove raccomandava il culto di Maria, e riprovava il divulgarsi delle eresie; e il prefetto la proibisce e sequestra.