Dio non istabilì veruna autorità che organasse la Chiesa di Cristo, nè tale sistemazione è contenuta nel codice sacro: una Chiesa ha unico capo Cristo, nè altro padrone, cioè è sovrana622, e come tale può star da sè (congregazionismo) o confederarsi ad altre (presbiterianismo). Presbiteriana è la Chiesa valdese, ma il problema più difficile è stabilire i rapporti fra le Chiese particolari e la generale, in modo che questa non usurpi i diritti e l'individualità di quelle.
      Le chiese rimanevano distinte e indipendenti ciascuna, senz'altro legame che della stessa fede e d'un'opera comune, ma nel 1839 si radunarono in parrocchie, poi nella costituzione della Chiesa valdese data dal sinodo del 1855 si consolidò questa novità col pretesto di francheggiarsi a fronte delle difficoltà, anzichè osteggiarsi una chiesa coll'altra. Il progresso delle idee liberali in Italia (diceano gli oppositori) abbastanza protegge ora i Valdesi, mentre la fusione vale quanto il distruggere i membri per formare un corpo: nè la Chiesa generale direbbesi libera quando nol sono le particolari. Il bisogno dell'unità è pericoloso, e non v'è chiesa generale dove non v'abbia chiese particolari libere, autonome e sovrane. Sono idee anglicane: e v'è chi vorrebbe introdurre fin i vescovi, sotto il nome di Moderatore a vita. Altri invece esorbitante trovano l'autorità concessa alla Tavola di «provvedere per mezzo di regolamenti a quanto concerne il culto pubblico e l'amministrazione spirituale e temporale delle parrocchie»; per lo che il clero riesce ad aver superiorità nella legislazione, nell'amministrazione, nella disciplina, nel culto, fin nell'istruzione pubblica; dispone dei doni e sussidj venuti di fuori. La nuova costituzione trasse alla Chiesa la nomina de' parroci diversi, dal che, oltre altri inconvenienti, deriva che le elezioni emanano da spirito di consorteria e di famiglia, «una delle più triste piaghe del paese, e che vi produce la lebbra che corrose la Chiesa romana, il nepotismo»623. Laonde per l'onor del paese e per la pace e la vita della Chiesa chiedeasi prevalesse il congregazionismo, l'indipendenza delle varie parrocchie, ciascuna delle quali nomini i deputati al sinodo624. Pertanto restarono divisi in Valdesi diaconi e Valdesi della tavola.