Egli accettò, asserendo che libertà e indipendenza non può aversi se non coll'abbandonare il cattolicismo, come hanno fatto gli Inglesi; i quali, per ottener le civili e religiose franchigie, cacciarono i loro regnanti, ne scelsero di nuovi, e consolidarono una forma di governo, che il meno possibile diversificasse dall'anteriore.
      Appena espulso il granduca, gli Evangelici di Toscana sporsero al Governo Provvisorio una «Dichiarazione di alcune massime religiose professate dai Cristiani evangelici, che in questi tempi si sono manifestati in Toscana, persuasi che il giorno è giunto in cui la nostra patria nel suo seno vedrà svilupparsi ogni onesta libertà», e v'erano firmati Carlo Solaini e Scipione Bargali. Quel Governo lasciò in fatto stabilire cappelle, e i giornali tuttodì svelenirsi contro il papato, mentre escludeva i predicatori cattolici non toscani e proibì di stampare un opuscolo La Chiesa cattolica romana è la sola vera Chiesa di Gesù Cristo. Di ciò mosse pubblico lamento l'arcivescovo Limberti, e diceva al presidente Ricasoli: «Voi siete cattolico, e reggete un popolo cattolico; vi corre dunque l'obbligo di amare e favorire sapientemente la conservazione e l'incremento della fede che professate. Dissi sapientemente perchè non vi diate a credere che io intenda accattare da Voi per la religione e per la Chiesa quell'insidiosa tutela che inceppa o avvilisce, e molto meno quella specie di protezione, che, essendo tutta in perseguitare e tormentare gli sventurati che la disconoscono, non servirebbe che a renderla odiosa. Ma quella savia e provvidente sollecitudine, la quale caldeggiando le benefiche istituzioni della Chiesa, rispettandone i sacri ordinamenti, onorandone i ministri, e agevolandone la libera azione, conferisce a crescerla in riverenza ed efficacia, con profitto grande dello stesso consorzio civile.