A Praga dedica cinquanta tesi di geometria a Rodolfo II, che lo rimunera con cinquecento talleri.
      Dopo che avea professato a Brunswick, a Helmstadt, a Francoforte, Giovanni Mocenigo per imparar da esso i segreti della memoria, lo invitava a tornar in Italia, per mezzo di Battista Crotti librajo che si recava alla fiera di Francoforte sul Meno, ove il Bruno dimorava allora nel convento dei Carmelitani, i quali comprendeano lui essere un bell'ingegno e uomo universale, ma non aver religione alcuna.
      Liberamente venuto a Venezia, si pose ad educare il Mocenigo, che allora avea trentaquattro anni e abitava in calle San Samuele, e che vano e fantastico, presto si disgustò del Bruno, cui diceva indemoniato: e infine lo consegnò al Sant'Uffizio il 22 maggio 1592. Apertosi il processo coll'assistenza dei savj dell'eresia, furono citati quei che l'aveano conosciuto e praticato a Francoforte o a Venezia. Il Bruno, oltre narrare tutta la sua vita, confessò che la sua filosofia repugnava indirettamente alla fede, come quelle d'Aristotele e di Platone, ma ciò esser comune a moltissime altre scuole; non aver egli però insegnato o scritto cosa che direttamente vi contradicesse: ammetter egli un universo, infinito per grandezza e per moltitudine di mondi, ove tutto vive e si muove: dubitare dell'incarnazione del Verbo, cioè dell'Intelletto; tenere lo spirito divino come anima dell'universo; ciò peraltro come filosofo; del resto credere quel che la Chiesa, e dolersi di non averne osservato i precetti, o parlatone con leggerezza; detesta e abborre i suoi errori, e vuole nel seno della Chiesa cercare i rimedj opportuni alla sua salute.
      Chi vorrà tener conto di ritrattazioni e pentimenti espressi in tal posizione? Nessuna sentenza pronunziò il tribunale veneto contro di lui, ma col consenso del senato, che riconobbe «esser le costui colpe gravissime in proposito d'eresia, sebbene uno de' più eccellenti e rari ingegni, e di esquisita dottrina e sapere», fu consegnato nelle carceri di Roma il gennajo 1593.