Il linguaggio verso il papa e i prelati ne fu dapprincipio rispettoso; conoscendo l'importanza di restaurare l'autorità, ripristinò la gerarchia, e nelle cerimonie i cardinali passavano avanti ai marescialli, i vescovi ai generali, ma purchè obbedissero a' suoi decreti, assecondassero le sue mire: il che per verità era men difficile, atteso il fascino della grandezza di lui, e dell'imperiosità che non supponeva mai la possibilità d'un'opposizione. La nomina de' primi 60 vescovi fu prudente, e diretta a conciliare i partiti, ma insieme a prepararsi vescovi favorevoli per quando domanderebbe la già meditata corona. Dappoi fu sempre più interessata, sebbene non mai scandalosa, cernendoli fra le persone avverse alla revoluzione, devote a lui e alle istituzioni imperiali, fedeli alle libertà della Chiesa gallicana e di famiglie aristocratiche, avendo potuto dire: «Non c'è che le persone di vecchia razza che sappiano ben servire». Al principe Eugenio scriveva: «Fatemi conoscere chi sostituir nelle sedi vacanti. Bisogna nominar de' preti che mi sian molto attaccati, non cercar vecchj cardinali che all'occasione non mi seconderebbero» (17 febbrajo 1806). E a Giuseppe re di Napoli: «Vi dirò schietto che non mi piace il proemio della soppressione dei conventi. In ciò che riguarda la religione il linguaggio dev'essere nello spirito della religione, e non in quello della filosofia. Qui sta la grand'arte di chi governa. Il preambolo doveva essere in istile da frate. Gli uomini sopportano meglio il male quando non vi si unisca l'insulto. Del resto sapete che non amo i frati, giacchè li distruggo da per tutto» (14 aprile 1807). E ad Elisa: «Non esigete giuramento dai preti. Non riesce che a far nascere delle difficoltà. Tirate dritto, e sopprimete i conventi» (17 maggio 1806). E poco dopo: «Il Breve del papa non importa un fico sinchè resta in man vostra.