Questo pontefice fu la mano con la quale Ildebrando gittò le prime fondamenta del suo gran sistema, che poscia si elevò a norma di dritto pubblico e di constituzione teocratica. Niccolò II agiva ciecamente e fiducioso sotto i dettami di lui. Infatti Ildebrando l'indusse nel concilio di Laterano a mandare fuori quel famoso decreto che stabilì il modo da tenersi nell'elezione dei nuovi pontefici, conferendone il potere esclusivamente ai cardinali vescovi, la confirma ai cardinali chierici, l'approvazione al clero ed al popolo romano; togliendo così all'imperatore non solamente la facoltà di scegliere, ma il dritto altresì di confirmare l'elezione. Ed Ildebrando lo trascinò a rompersi con Roberto Guiscardo, a scomunicarlo per l'usurpazione di Troia, sognata proprietà dei pontefici, ed infine accordargli l'investitura del ducato di Puglia, di Calabria e di Sicilia - allorchè l'avrebbe conquistata sui Saraceni - con l'obbligo di dodici soldi di Pavia per ogni paio di bovi che arassero nel territorio investito. Scomunica arbitraria, investitura ridicola, perchè si arrogava padronato su paese conquistato ai due imperi, ma che tanto Roberto quanto i pontefici seppero far valere, secondando gl'interessi di entrambi. Niccolò richiese, qual signore diretto del feudo, giuramento di fedeltà, e Roberto giurò di essere ligio alla chiesa romana ed al papa suo signore; di non minacciarne la vita, e non tenerlo cattivo; di aiutare di tutte le sue forze la santa sede per conservare, acquistare, o ricuperare il patrimonio di San Pietro, promettendogli assistenza nel sostenere la dignità di pontefice e governare il principato e le terre dell'apostolo; di non bandir oste contro di chicchessia senza il piacere di lui; di rimettergli nelle mani le chiese dei suoi dominii coi beni e dritti annessivi e difenderli; infine di vegliare alla sicurezza nei comizi dei nuovi pontefici.